29 maja 1992r. W świetlicy stadionu SM Kopernik przy ul. Świętopełka w Toruniu z inicjatywy Jerzego Zapieca, Juliana Skorego i Zdzisława Buczela zebrał się Komitet Założycielski klubu piłkarskiego, na którym powołany został Klub Sportowy „Włókniarz”. W gronie osób z Komitetu Założycielskiego byli dawni członkowie i zawodnicy KS Włókniarz, który istniał do połowy lat 60-tych, a sekcja piłkarska przy jego likwidacji została włączona do powstającego wówczas ZKS Elana. Dlatego padła propozycja nazwy „Włókniarz”, a pierwszy człon nazwy brzmiał wówczas „Młodzieżowy Klub Sportowy”. Członkowie Komitetu zakładali, że klub będzie zajmował się wyłącznie szkoleniem w zakresie piłki nożnej dzieci i młodzieży i taki zapis istnieje w statucie do dzisiaj. Pomimo, że później z przyczyn organizacyjnych pierwszy człon nazwy został zmieniony na Międzyszkolny to cele dotyczące szkolenia dzieci i młodzieży zostały niezmienione. Główny inicjator powołania „MKS Włókniarz” trener Jerzy Zapiec prowadził od 1990r. Prywatną szkółkę piłkarską, z której to właśnie pochodziła większość pierwszych wychowanków klubu. Dlatego cykl szkolenia młodych piłkarzy nie musiał zaczynać się od początku i nowy klub zgłosił już w pierwszym roku działania do rozgrywek okręgowych 3 zespoły. Po jednym w kategorii juniorów starszych, trampkarzy starszych i młodszych. Już pierwszy sezon piłkarze „Włókniarza” zakończyli sukcesem zajmując we wszystkich kategoriach wiekowych 3-eie miejsce w rozgrywkach ligowych Okręgu.
Zarząd
Pierwszym prezesem klubu był Ryszard Matys.
1992-1995
Prezes - Ryszard Matys,
V-ce Prezesami Zarządu - Edward Bochnak, Bożena Mak i Zdzisław Buczel
1995-1997
Prezes - Mirosław Kumiszcze
V-ce Prezesami Zarządu - Stanisław Stoliński, Jan Norkowski i Edward Bochnak
1997 – 2003
Prezes - Tadeusz Krusiński ( trzy kadencje)
V-ce Prezesami Zarządu - Mieczysław Tomaszewski, Adam Jankowski Ewa Beret
2003 - 2007
Prezes - Adam Jankowski
V-ce Prezesami Zarządu - Bogdan Wanowski, Janusz Styranowski, Eugeniusz Korpal.
2007 – do chwili obecnej
Prezes - Andrzej Szpala
V-ce Prezesami Zarządu – Jerzy Zapiec, Bożena Kubacka,
Sztab Szkoleniowy
Najstarszym trenerem w klubie od samego początku jest trener Jerzy Zapiec, który prowadził wszystkie kategorie wiekowe w klubie od najmłodszych do najstarszych.
Od 2002 roku jest z nami w roli trenera również Andrzej Szpala.
Funkcje trenera w klubie pełnili również: Arkadiusz Wandowicz, Mariusz Jagła, Mariusz Strzelecki, Waldemar Orłowski, Piotr Dylewski, Jarosław Brzuskiewicz, Krzysztof Pietrasiak, Lech Małecki, Miłosz Materna, Miłosz Krusiński, Eugeniusz Mazur, Krzysztof Jaworski, Zbigniew Goszka i Arkadiusz Tarnowski
Rozgrywki Ligowe
Już pierwszy sezon piłkarze „Włókniarza” zakończyli sukcesem zajmując we wszystkich kategoriach wiekowych 3-eie miejsce w rozgrywkach ligowych Okręgu. Zawodnicy trenowali i rozgrywali swoje mecze do 1998r. Na stadionie SM Kopernik przy ul. Świętopełka, następnie przez 2 sezony gościnnie trenowali i grali na boisku Flisaka w Złotorii, gdyż stadion Spółdzielni przechodził kapitalny remont. Od 2000r. Trenują na swoim boisku na ul. Przy Skarpie, które powstało dzięki zaangażowaniu i wytężonej pracy Zarządu Klubu w okresie kadencji Tadeusza Krusińskiego na terenie użyczonym przez Urząd Miasta Torunia. Mecze natomiast rozgrywają na odnowionym stadionie przy ul. Świętopełka dzięki pomocy i życzliwości Zarządu i Rady Nadzorczej SM „Kopernik”. Zawodnicy MKS Włókniarz od początku w udziału w rozgrywkach ligowych tj. Rozgrywek o Mistrzostwo Okręgu Toruńskiego w kategoriach młodzika młodszego i starszego oraz juniora młodszego zdobywali tytuły Mistrza i w-ce Mistrza Okręgu w tych kategoriach wiekowych. Później po powstaniu KPZPN w rozgrywkach orlików, młodzików i trampkarzy. W kategoriach juniorów starszych i młodszych plasowali się na niższych pozycjach. W sezonie 2013/2014 zawodnicy rocznika 2000 pod wodzą trenera Andrzeja Szpali wywalczyli awans do ogólnopolskiego finału Klubowych Mistrzostw Polski rocznika 2000 "Premier CUP - 2014".
Największy sukces to awans do finałów MP rocznika 1990 i 4 miejsce w kraju. (najwyższe miejsce drużyny młodzieżowej z Torunia w ostatnich 25 latach).